Al término del Máster en Ingeniería Agronómica, y según las asignaturas optativas cursadas, el estudiante podrá continuar los estudios de Doctorado en los programas que sean admitidos según la normativa vigente.
Actualmente en la ETSIA se imparte el Programa de Doctorado Interuniversitario con la Universidad de Córdoba denominado “Ingeniería Agraria, Alimentaria, Forestal y del Desarrollo Rural Sostenible”, al que podrán acceder los egresados del Máster en Ingeniería Agronómica.